پس از آنکه حضرت هادی (ع ) به امر متوکل و به همراه يحيی بن هرثمه که مأمور بردن حضرت از مدينه بود ، به سامرا وارد شد ، والی بغداد اسحاق بن ابراهيم طاهری از آمدن امام (ع ) به بغداد با خبر شد ، و به يحيی بن هرثمه گفت : ای مرد ، اين امام هادی فرزند پيغمبر خدا (ص ) مي باشد و مي دانی متوکل نسبت به او توجهی ندارد اگر او را کشت ، پيغمبر (ص ) در روز قيامت از تو بازخواست مي کند . يحيی گفت : به خدا سوگند متوکل نظر بدی نسبت به او ندارد . نيز در سامرا ، متوکل کارگزاری ترک داشت به نام وصيف ترکی . ا
و نيز به يحيی سفارش کرد در حق امام مدارا و مرحمت کند . همين وصيف خبر ورود حضرت هادی را به متوکل داد . از شنيدن ورود امام (ع ) متوکل به خود لرزيد و هراسی ناشناخته بر دلش چنگ زد . از اين مطالب که از قول يحيی بن هرثمه مأمور جلب امام هادی (ع ) نقل شده است درجه عظمت و نفوذ معنوی امام در متوکل و مردان درباری به خوبی آشکار مي گردد ، و نيز اين مطالب دليل است بر هراسی که دستگاه ستمگر بغداد و سامرا از موقعيت امام و موضع خاص او در بين هواخواهان و شيعيان آن حضرت داشته است .
باری ، پس از ورود به خانه ای که قبلا در نظر گرفته شده بود ، متوکل از يحيی پرسيد : علی بن محمد چگونه در مدينه مي زيست ؟ يحيی گفت : جز حسن سيرت و سلامت نفس و طريقه ورع و پرهيزگاری و بي اعتنايی به دنيا و مراقبت بر مسجد و نماز و روزه از او چيزی نديدم ، و چون خانه اش را - چنانکه دستور داده بودی - بازرسی کردم ، جز قرآن مجيد و کتابهای علمی چيزی نيافتم . متوکل از شنيدن اين خبر خوشحال شد ، و احساس آرامش کرد . با آنکه متوکل از دشمنان سرسخت آل علی (ع ) بود و بنا به دستور او بر قبر منور حضرت سيدالشهداء (ع ) آب بستند و زيارت کنندگان آن مرقد مطهر را از زيارت مانع شدند ، و دشمنی يزيد و يزيديان را نسبت به خاندان رسول اکرم (ص ) تازه گردانيدند ، با اين همه در برابر شکوه و هيبت حضرت هادی (ع ) هميشه بيمناک و خاشع بود .
مورخان نوشته اند : مادر متوکل نسبت به مقام امام علی النقی (ع ) اعتقادی به سزا داشت . روزی متوکل مريض شد و جراحتی پيدا کرد که اطباء از علاجش درماندند . مادر متوکل نذر کرد اگر خليفه شفا يابد مال فراوانی خدمت حضرت هادی (ع ) هديه فرستد . در اين ميان به فتح بن خاقان که از نزديکان متوکل بود گفت : يک نفر را بفرست که از علی بن محمد درمان بخواهد شايد بهبودی يابد . وی کسی را خدمت آن حضرت فرستاد امام هادی فرمود : فلان دارو را بر جراحت او بگذاريد به اذن خدا بهبودی حاصل مي شود .
چنين کردند ، آن جراحت بهبودی يافت . مادر متوکل هزار دينار در يک کيسه چرمی سر به مهر خدمت امام هادی (ع ) فرستاد . اتفاقا چند روزی از اين ماجرا نگذشته بود که يکی از بدخواهان به متوکل خبر داد دينار فراوانی در منزل علی بن محمد النقی ديده شده است . متوکل سعيد حاجب را به خانه آن حضرت فرستاد . آن مرد از بالای بام با نردبان به خانه امام رفت . وقتی امام متوجه شد ، فرمود همان جا باش چراغ بياورند تا آسيبی به تو نرسد . چراغی افروختند . آن مرد گويد : ديدم حضرت هادی به نماز شب مشغول است و بر روی سجاده نشسته . امام فرمود : خانه در اختيار توست .
آن مرد خانه را تفتيش کرد . چيزی جز آن کيسه ای که مادر متوکل به خانه امام فرستاده بود و کيسه ديگری سر به مهر در خانه وی نيافت ، که مهر مادر خليفه بر آن بود . امام فرمود : زير حصير شمشيری است آن را با اين دو کيسه بردار و به نزد متوکل بر . اين کار ، متوکل و بدخواهان را سخت شرمنده کرد . امام که به دنيا و مال دنيا اعتنايی نداشت پيوسته با لباس پشمينه و کلاه پشمی روی حصيری که زير آن شن بود مانند جد بزرگوارش علی (ع ) زندگی مي کرد و آنچه داشت در راه خدا انفاق مي فرمود .
با اين همه ، متوکل هميشه از اينکه مبادا حضرت هادی (ع ) بر وی خروج کند و خلافت و رياست ظاهری بر وی به سر آيد بيمناک بود . بدخواهان و سخن چينان نيز در اين امر نقشی داشتند . روزی به متوکل خبر دادند که : " حضرت علی بن محمد در خانه خود اسلحه و اموال بسيار جمع کرده و کاغذهای زياد است که شيعيان او ، از اهل قم ، برای او فرستاده اند " . متوکل از اين خبر وحشت کرد و به سعيد حاجب که از نزديکان او بود دستور داد تا بي خبر وارد خانه امام شود و به تفتيش بپردازد .
اين قبيل مراقبتها پيوسته - در مدت 20سال که حضرت هادی (ع ) در سامره بودند - وجود داشت . و نيز نوشته اند : " متوکل عباسی سپاه خود را که نود هزار تن بودند از اتراک و در سامرا اقامت داشتند امر کرد که هر کدام توبره اسب خود را از گل سرخ پر کنند ، و در ميان بيابان وسيعی ، در موضعی روی هم بريزند . ايشان چنين کردند . و آن همه به منزله کوهی بزرگ شد . اسم آن را تل " مخالي " نهادند آنگاه خليفه بر آن تل بالا رفت و حضرت امام علی النقی ( عليه السلام ) را نيز به آنجا طلبيد و گفت : شما را اينجا خواستم تا مشاهده کنيد سپاهيان من را . و از پيش امر کرده بود که لشکريان با آرايشهای نظامی و اسلحه تمام و کمال حاضر شوند ، و غرض او آن بود که شوکت و اقتدار خود را بنماياند ، تا مبادا آن حضرت يا يکی از اهل بيت او اراده خروج بر او نمايند " .
در اين مدت 20سال زندگی امام هادی (ع ) در سامرا ، به صورتهای مختلف کارگزاران حکومت عباسی ، مستقيم و غير مستقيم ، چشم مراقبت بر حوادث زندگی امام و رفت و آمدهايی که در اقامتگاه امام (ع ) مي شد ، داشتند از جمله : " حضور جماعتی از بنی عباس ، به هنگام فوت فرزند امام دهم ، حضرت سيد محمد - که حرم مطهر وی در نزديکی سامرا ( بلد ) معروف و مزار است - ياد شده است . اين نکته نيز مي رساند که افرادی از بستگان و مأموران خلافت ، همواره به منزل امام سر مي زده اند . "